Manuel Heitor nasceu em setembro de 1958.
É Professor Catedrático no Instituto Superior Técnico, Lisboa, sendo doutorado pelo Imperial College de Londres em Engenharia Mecânica (Combustão Experimental, 1985).
Fez um pós-doutoramento na Universidade da Califórnia em San Diego, 1986, tendo prosseguido posteriormente uma carreira académica no Instituto Superior Técnico em Lisboa, onde começou por desenvolver a sua atividade de investigação na área de energia e ambiente, com ênfase em Mecânica de Fluidos e Combustão Experimental.
Desempenhou as funções de Presidente-Adjunto do Instituto Superior Técnico entre 1993 e 1998, tendo-se dedicado desde o início dos anos 90 ao estudo de políticas de ciência, tecnologia e inovação, incluindo políticas e gestão do ensino superior. Fundou em 1998 o Centro de Estudos em Inovação, Tecnologia e Políticas de Desenvolvimento, IN+, do IST, o qual foi nomeado em 2005 como um dos Top 50 global centres of research on Management of Technology, pela International Association for the Management of Technology, IAMOT.
Coordenou, entre outros, os Programas de doutoramento do IST em Engenharia e Políticas Públicas e em Engenharia de Conceção e Sistemas Avançados de Manufatura. Foi Research Fellow da Universidade do Texas em Austin, no Instituto IC2, Innovation, Creativity and Capital, e durante o ano letivo 2011/12 foi Professor Visitante na Universidade de Harvard, ambas nos Estados Unidos da América.
É Ministro da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior no Governo de Portugal desde novembro de 2015, tendo sido Secretário de Estado da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior entre março de 2005 e junho de 2011.
Ministro da Ciência, Tecnologia e do Ensino Superior do XXII Governo Constitucional.